1、 按要求裝配好垂直電泳板，兩塊玻璃板的兩側及底部用1%的瓊脂糖封邊，防止封閉不嚴而使聚丙烯酰胺液漏出。
2、 將裝好的玻璃電泳板傾斜成45～60℃角。
3、 按表3配制所需%濃度凝膠的毫升數。
4、 加入TEMED后，立即混勻，緩緩倒入兩玻璃板間的膠床中，直到液體接近溢出時為止。
5、 立即插入適當的梳子，密切注意防止梳齒下產生氣泡，用一有力的夾將梳子夾在一邊的玻璃板上，然后將玻璃板斜靠在物體上，使成10°角，可減少液體泄漏的機會。
6、 室溫聚合一小時后，將玻璃板插入電泳槽中，上緊，倒入*緩沖液。
7、 小心取出梳子，加樣。
原理：在SSCP測定中，雙鏈DNA（dsDNA）被變性成為單鏈DNA（ssDNA），每一條單鏈DNA都基于它們的內部序列而呈現出一種獨有的折疊構象，即使同樣長度的DNA單鏈因其堿基順序不同、甚至單個堿基的不同會形成不同的構象。這些單鏈DNA在非變性條件下，用非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳分離，單鏈DNA的遷移率和帶型，都取決于其折疊構象和電泳時的溫度。
SSCP與變性凝膠電泳基本一致，不同之處有以下幾點：
a． SSCP使用非變性凝膠進行電泳，即在凝膠配制中不加入變性劑。我室常用8%非變性膠（丙烯酰胺 80g，N- N，-亞甲雙丙烯酰胺 * g，10×TBE 50ml，加水定容到1L）
b． 工作環境，由于SSCP受溫度影響，所以在電泳過程中應防止溫度的升高，所以電泳環境為電壓400V，電流50mA，單板電泳功率為9W，不用預熱。緩沖液最好用新配制的。
c． 由于電泳功率較低，所以電泳時間較長，通常需要10小時以上，因此一般電泳需要過夜。室溫在25。C以下。
